Географические координаты центра озера: 65°01' с. ш., 30°45' в. д. Занимает в системе озер Куйто крайнее западное положение.

Площадь водной поверхности 197,6 км², общая площадь (с островами) 205,9 км², наибольшая длина озера 42 км, наибольшая ширина 19,6 км. Высота над уровнем моря 102,6 м.

Форма озера сходна с трехлучевой звездой. От центральной части озера на северо-запад направлена длинная Войницкая губа, к юго-западу отчленяется Вокнаволокская губа, а к востоку - вытянутая часть озера, переходящая в реку Ельмане. Озеро имеет 178 островов общей площадью 8,3 км². Береговая линия озера извилиста, ее длина равна 292,2 км, а вместе с береговой линией островов - 345 км. Берега в большинстве участков каменистые, в виде пологих россыпей, реже скалистые. Заболоченные берега имеют небольшое протяжение, песчаные пляжи единичны. Побережье покрыто хвойным лесом с преобладанием сосны.

Основная масса воды поступает в оз. Верхнее Куйто из рек Писты и Войницы. Меньшее значение в питании озера имеют реки Куржма, Поньга, Тол и др. Вытекающая из озера р. Ельмане впадает в оз. Среднее Куйто; с последним соединяется оз. Нижнее Куйто, из которого вытекает р. Кемь. Сезонное колебание уровня воды в озере несколько превышает 1 м. Максимум весеннего паводка приходится на конец мая - начало июня, менее выраженный осенний паводок начинается в середине или в конце сентября.

Средняя глубина озера равна 7,4 м, максимальная глубина 44 м, участок с максимальной глубиной находится в центральной части водоема. Дно озера очень неровно вследствие наличия подводных луд и камней; особенно много последних между порогом Ельмане и Ювалакшским мысом. Свыше половины площади дна выстлано илами серо-зеленого и коричневого цвета. Местами на небольших участках дна имеется твердая рудная корка, чаще встречается тонкий слой рыхлых железорудных образований. На подводных склонах, наряду с илистыми грунтами, встречаются камни и песок. Цвет воды от светло-желтого до светло-коричневого. Прозрачность воды в летне-осенний период колеблется от 1,9 до 3 м.

По термическому режиму Верхнее Куйто приближается к озерам умеренного типа. Летом температура на поверхности воды несколько превышает 20°, придонная температура в это время ниже на 3 - 5°. В октябре устанавливается гомотермия. Замерзает озеро с середины октября по 20 ноября, вскрывается в конце мая - начале июня.

Содержание кислорода в воде в летне-осенний период равно 5 - 6 см³/л (70 - 80 % насыщения), причем не наблюдается особенного различия между насыщенностью придонных и поверхностных слоев. Содержание углекислоты невелико и составляется во всей толще воды 2 мг/л. Реакция воды слабокислая: рН колеблется от 6,64 до 5,91. Вода слабо минерализована, хотя сухой остаток и составляет 70,4 мг/л, но на 60 % это органические соединения. Бикарбонаты составляют всего 5,8 мг/л. Окисляемость (перманганатная) высокая, в среднем для озера 12,5 - 13 мгО₂/л (Слободчиков, 1935).

Высшая водная растительность вследствие большой изрезанности береговой линии и наличия сильно отчлененных заливов развита довольно хорошо. Преобладают осоки, тростник, камыш и рдесты.

Донная фауна состоит в основном из мелких личинок хирономид (главным образом, Procladius и Orthocladiinae), мелких моллюсков (пизидиум и вальвата) и реликтовых ракообразных (понтопорея и мизис). В количественном отношении бентос оз. Верхнее Куйто очень беден: в среднем на 1 м² дна летом приходится 164 экз. животных, что соответствует средней биомассе 6,7 кг/га. Наиболее богаты бентосом отдельные бухты и заливы озер - до 10 кг/га (Герд, 1935).

В озере водятся следующие рыбы: лосось, ряпушка, сиг, хариус, корюшка, щука, плотва, язь, елец, налим, окунь и ерш. Основной промысловой рыбой является ряпушка, за которой по значению в уловах следуют плотва, окунь и щука; язь и сиги ловятся в незначительном количестве.

Ряпушка. Средний вес ряпушки равняется 8,3 г при средней длине 9,5 см. В уловах встречаются три возрастных группы: двухлетки, трехлетки и четырехлетки; преобладают трехлетки, составляющие 70 % улова. По размерам и темпу роста ряпушка оз. Верхнее Куйто уступает ряпушке Онежского озера. Нерестится в начале октября в губах и близ некоторых островов.

Сиги в Верхнем Куйто относятся к двум группам: озерной и озерно-речной. Озерный сиг распространен по всему водоему, его средняя длина 20,4 см. В уловах встречается пять возрастных групп: от трехлеток до шестилеток. Среди сигов, нерестующих в реках, различаются две формы: крупный широкотелый сиг, с числом жаберных тычинок от 40 до 55 и мелкий, прогонистой формы сиг, имеющий около 30 жаберных тычинок. Крупный сиг нерестится в р. Писте, а мелкий в р. Ельмане. Ход сигов в реки начинается с начала октября, нерест в конце октября на порожистых участках.

Лосось (карельск. "куя") обитает в озере, а для размножения осенью входит в реки Писту, Войницу и Ельмане. Молодь живет в реке 2 - 3 года, затем скатывается в озеро. Наибольшая длина лосося около 60 см при весе 4 - 5 кг; преобладают лососи весом 2 - 2,5 кг.

Корюшка одна из многочисленных рыб озера. Средняя длина корюшки 10 см, средний вес 6 г. К местам нереста подходит подо льдом. Лов неводом в прибрежной, вскрывшейся части озера.

Щука широко распространена, встречается во всех многочисленных губах. Основной лов весной во время нереста.

Плотва одна из наиболее многочисленных рыб, занимает в уловах второе место после ряпушки. Средняя длина промысловой плотвы 19,2 см, средний вес 83 г. В уловах преобладают три возрастных группы: трехлетки, четырехлетки и пятилетки. Наибольший вылов во время нереста (июнь).

Язь ловится главным образом весной у устьев рек, в которые входит для размножения. Средняя длина 36,8 см, средний вес 720 г.

Окунь широко распространен в озере, преимущественно в прибрежной зоне. Средняя длина промыслового окуня 25,5 см, вес 150 - 300 г. Лов весной во время нереста.

Промыслом рыбы на оз. Верхнее Куйто занимались колхозные рыболовецкие бригады. Из орудий лова здесь применялись невода, большие и малые мережи, ставные сети и переметы.

Улов рыбы в 1933 г. был равен 237 ц. В настоящее время регулярного организованного промысла рыбы на оз. Верхнее Куйто не существует.

По рыбохозяйственному типу озеро ряпушково-сиговое с лососем.

Общая рыбопродуктивность озера, исходя из его физико-географических, гидрологических и кормовых условий и состава ихтиофауны может быть установлена в 2,5 - 3 кг/га (до 600 ц). Главные объекты промысла - ряпушка, корюшка, сиги, плотва и др. Возможно разведение палии.